Los estudiantes participan como representantes en los diversos órganos de gobierno de la universidad. Para ello, deben pertenecer al tercio superior de rendimiento académico, contar con por lo menos treinta y seis (36) créditos aprobados y no tener una sentencia judicial condenatoria ejecutoriada.
Quienes postulen a ser representantes estudiantiles deben haber cursado el periodo lectivo inmediato anterior a su postulación. No existe reelección en ninguno de los órganos de gobierno para el periodo inmediato siguiente.
Los representantes estudiantiles no pueden exceder del tercio del número de miembros de cada uno de los órganos de gobierno. El cargo de representante estudiantil no implica ninguna retribución económica o de cualquier índole bajo ningún concepto.
Federación
La Federación Universitaria de San Marcos (FUSM) es el ente gremial que representa a los estudiantes de la universidad
Centros federados
Los centros federados o centros de estudiantes representan a los estudiantes de las facultades y de las escuelas académico profesionales, respectivamente. Sus miembros directivos son elegidos por elecciones universales y democráticas.
A través de ellos se ejercen los derechos gremiales que la Constitución Política del Perú, la Ley Universitaria y el Estatuto reconocen a los estudiantes. A estos órganos gremiales se les facilitan locales, apoyo de personal, material técnico y económico, a cargo de dar cuenta al órgano de gobierno respectivo. Además, la FUSM tiene derecho a participar con derecho a voz en las sesiones de la Asamblea Universitaria y el Consejo Universitario y sus comisiones. De la misma manera, los centros federados tienen derecho a participar en las sesiones del Consejo de Facultad y sus comisiones con derecho a voz.
Centros de estudiantes
Los centros de estudiantes participan en las sesiones del comité asesor de la escuela académico profesional.