Las remuneraciones de los docentes de la universidad se establecen por categoría y clase, su financiamiento proviene de las transferencias corrientes del Tesoro Público.
Las remuneraciones de los docentes de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos se homologan con las correspondientes a los magistrados del Poder Judicial. La del profesor auxiliar no puede ser inferior a la del juez de primera instancia, la del profesor asociado con la del juez superior y la de profesor principal con la del juez supremo. La universidad puede pagar a los docentes una subvención adicional por productividad de acuerdo con sus posibilidades económicas.
Las remuneraciones del profesor ordinario a tiempo parcial se fijarán en relación proporcional con las percibidas por el profesor a tiempo completo de su respectiva categoría y clase.
Los docentes ordinarios a dedicación exclusiva tienen derecho a una bonificación adicional, proveniente de los recursos ordinarios, del cincuenta por ciento (50%) del haber correspondiente a su categoría. Esta bonificación está sujeta a un reglamento para evaluar su desempeño y producción académica y será excluyente de la bonificación de docente investigador.
Los docentes tienen derecho a percibir, además de sus sueldos básicos, homologaciones y las remuneraciones complementarias establecidas por ley, cualquiera sea su denominación.